ต่อมาใน พ.ศ. ๒๕๒๘ รัฐบาลในสมัยนั้นมีดำริจัดเตรียมงานเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร เนื่องในมหามงคลสมัยเฉลิมพระชนมพรรษาครบ ๖๐ พรรษา ใน พ.ศ. ๒๕๓๐ ทางสำนักพระราชวังจึงเสนอโครงการบูรณะซ่อมแซมอาคารสถานที่ในเขตพระราชฐานชั้นใน เป็นโครงการเฉลิมพระเกียรติในวาระมงคลสมัยดังกล่าว โดยที่อาคารจำนวนมากอยู่ในสภาพชำรุดทรุดโทรมและมิได้มีการใช้งานมายาวนาน นับเป็นโครงการต่อเนื่องจากการบูรณปฏิสังขรณ์ในคราวฉลองกรุงรัตนโกสินทร์ ๒๐๐ ปี

  ตลอดการบูรณะเขตพระราชฐานชั้นในในครั้งนั้น สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ ทรงปฏิบัติหน้าที่แม่กองด้วยพระวิริยะอุตสาหะ เสด็จฯ มาทรงตรวจงานการซ่อมแซมตามคำกราบบังคมทูล เป็นการส่วนพระองค์อยู่โดยสม่ำเสมอ เอาพระทัยใส่ในการกำกับดูแล พระราชทานข้อพระราชวินิจฉัยและแนวพระราชดำริ ด้วยความสนพระทัยในการอนุรักษ์สถาปัตยกรรม และประสบการณ์จากการทรงงาน “แม่กอง” ในคราวฉลองกรุงรัตนโกสินทร์ ๒๐๐ ปี ดังกล่าวมาแล้วนั้น โดยโปรดเกล้าฯ ให้ยึดหลักการอนุรักษ์เพื่อคงสภาพเดิมเท่าที่จะทำได้ ให้มีการศึกษาค้นคว้าวิจัย รวบรวมข้อมูลทางประวัติศาสตร์ ก่อนการตัดสินใจเปลี่ยนแปลงองค์ประกอบ วัสดุโครงสร้างทุกๆ ส่วน ตลอดจนการปรับหน้าที่ใช้สอยอาคาร ให้อาคารที่บูรณะแล้วนั้นมีหน้าที่ใช้สอยสืบไปในภายภาคหน้า เพื่อเป็นการรักษาสภาพอาคารในระยะยาว รวมอาคารที่ได้บูรณะทั้งสิ้น ๓๒ หลัง เป็นพระตำหนัก ตำหนัก และเรือนเจ้าจอมรวม ๒๗ หลัง ตลอดจนเต๊ง ห้องเครื่อง ห้องคลัง และอาคารเบ็ดเตล็ดอื่นๆ อีกมาก โดยโปรดเกล้าฯ ให้ปรับหน้าที่ใช้สอยใหม่ สำหรับโรงเรียนพระตำหนักสวนกุหลาบ วิทยาลัยในวังหญิง คลังเก็บของ อาทิ การบูรณะส่วนใหญ่แล้วเสร็จในพ.ศ. ๒๕๓๐ ทันวาระมหามงคลสมัยเฉลิมพระชนมพรรษาครบ ๖๐ พรรษา พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวในปีนั้น